Is de secretarisvogel gevaarlijk?

In 1968 werd de soort beschermd onder de Afrikaanse conventie inzake het behoud van de natuur en natuurlijke hulpbronnen. De Internationale Unie voor het behoud van de natuur (IUCN) noemde de secretarisvogel in 2016 een kwetsbare soort, vanwege een recente snelle achteruitgang over zijn hele verspreidingsgebied. Hoewel wijdverspreid, is de soort dun verdeeld over zijn verspreidingsgebied; de bevolking werd in 2016 geschat op tussen de 6.700 en 67.000 individuen. Langetermijnmonitoring in Zuid-Afrika tussen 1987 en 2013 heeft aangetoond dat de populaties in het hele land zijn afgenomen, zelfs in beschermde gebieden zoals het Kruger National Park als gevolg van aantasting door struiken, een toename van de hoge vegetatiebedekking, resulterend in het verlies van open leefgebied dat de soort geeft de voorkeur. Als populatie wordt de secretarisvogel voornamelijk bedreigd door verlies van leefgebied als gevolg van versnippering door wegen en ontwikkeling en overbegrazing van graslanden door vee. Er is enige aanpassing aan gewijzigde gebieden opgetekend, maar de trend is in verval.